L'aile Nord de l'hôpital est consacrée aux patients de l'île. Constamment sous la surveillance agile des gardes, il est impossible de passer sans montrer patte blanche. L'accès est réservé au personnel et aux membres de la famille lorsque l'heure des visites à sonner. L'aile est divisée en trois étages : le premier est dédié aux patients souffrant de troubles nerveux, le second aux patients souffrant de troubles psychologique et le dernier pour ceux souffrant d'un trouble du comportement.
L'aile Est de l'hôpital est la partie médicalisée de l'île. Composée des cabinets des médecins, psychiatres et infirmiers, elle est prête à accueillir chaque jour des patients pour des consultations, visites médicales, hospitalisation ou autres désagréments pour les patients, qui se passeraient bien de voir les têtes des médecins. L'accès à ces bureaux est ultra-sécurisé; impossible de s'y prendre sans pass électronique, ou une escorte de vigiles pour y emmener un patient. La sécurité prime avant tout ici. L'aile Est est elle-aussi organisée par étage ; au premier se trouvent tous les cabinets de psychiatrie, au second les cabinets des médecins et au troisième ceux des infirmiers et infirmières.
L'aile Ouest, ou le lieu le plus obscure de l'île. Personne n'aime s'y rendre, ni le personnel ni les autres. Seuls les vigiles apprécient ce territoire, peut-être parce qu'ils y ont l'autorité la plus haute qu'on puisse obtenir. Dans ce secteur, des cris, des menaces et des lamentations règnent jours et nuits. L'enfer a l'air de régner en ces lieux. Les patients les plus dangereux de l'île y sont retenus, et peut osent s'y aventurer... Les étages sont composés de cellules individuelles et renforcées, de cellules d'isolement et d'une infirmerie.
L'aile Sud, la dernière aile de l'hôpital. C'est certainement l'aile la plus chaleureuse de tout l'hôpital, bien que nombreux sont les problèmes qui peuvent surgir à tous moments. L'aile Sud est destinée à rassembler les patients entre eux, quelque soit le degré de leur crime ou maladie. On y trouve le réfectoire, une salle commune ainsi que des parloirs privés afin d'établir une communication plus facile avec la famille. Cette zone est elle aussi sous haute surveillance pour éviter tout écart.
Un carré d'herbe peut être un retour aux sources, sur ce caillou entouré d'eau. L'extérieur de l'hôpital n'est pas réellement chaleureux, mais il suffit généralement aux patients pour oublier oublier les murs trop blancs et les barreaux trop épais de leur cellule. Dans un coin retiré et sous la surveillance la plus grande se trouve le quartier résidentiel du personnel, mais surtout des familles des proches qui ont décidé de tout quitter pour vivre sur l'île. On trouve aussi le grand phare qui semble trôner fièrement près des côtes de Shutter Island, à l'affut de patients qui tenteraient d'échapper à l'île...